永续合约不存在交割合约到期一次性交割的模式，整体结算分为浮动盈亏实时计价、定时时段结算、资金费率划转、平仓最终结算四个核心环节，整个结算全程由交易所后台自动执行，不会需要交易者手动确认盈亏划转，也是永续合约和季度交割合约最本质的区别。绝大多数主流交易所的U本位永续合约都会以标记价格作为盈亏核算基准，而非盘面上跳动的最新成交价格，标记价格由多家现货交易所指数加权价格叠加基差均值计算得出，目的是规避插针行情人为操纵价格，出现无理由爆仓和虚假浮动盈亏的情况，交易者在持仓界面看到的浮盈浮亏，全部都是按照实时滚动更新的标记价格进行计算，盘中价格暴涨暴跌并不会改变账户真实可结算的盈利额度，只会临时改变保证金比例和强平点位，这也是很多短线交易者频繁遇到插针扫损却没有实际盈亏变动的核心原因。
主流交易所普遍采用八小时定时时段结算机制，结算时间统一对应北京时间早八点、下午四点、凌晨零点，部分合约平台会针对小币种开通四小时结算模式，每一次定时节点到来之后，系统会自动将持仓内累计产生的未实现盈亏转化为已实现盈亏划入账户可用余额，同时把当前持仓的开仓均价重置为结算瞬间的标记价格，本轮结算周期内产生的浮动盈亏会全部清零，下一个结算周期会以新的开仓均价重新计算盈亏。时段结算的作用在于释放冻结的盈利保证金，交易者结算完成后可以直接转出盈利部分，也可以把结算所得盈利继续加仓，不会出现盈利长期锁定在仓位当中无法提取的情况，币本位永续合约的结算逻辑和U本位保持一致，唯一区别在于盈亏以对应币种计价，结算之后币种资产会直接进入合约账户余额，不会转换成稳定币。
资金费率结算是永续合约独有的结算规则，并且和时段结算在同一时间点同步完成，资金费率本身并不是交易所收取的手续费，而是多空持仓者之间的资产划转，费率数值由现货指数和合约盘口的价差决定，费率为正数时所有多头持仓向空头支付费用，费率为负数时所有空头持仓向多头支付费用，费用核算标准以仓位名义价值为准，和交易者使用的杠杆倍率没有任何关联。只有在结算时间节点仍然持有仓位的账户才会计扣资金费用，如果在结算倒计时结束前提前平仓，系统不会记录本次周期的资金费用，这也是长线持仓交易者规避隐性持仓成本最常用的方式，资金费用会优先从账户可用余额当中扣除，一旦可用余额不足，系统会自动从仓位保证金内划扣费用，保证金缩水之后会抬高维持保证金比例，大幅缩短强平距离，也是长线持仓无故爆仓的隐形诱因。
除了定时结算之外，平仓结算属于永续合约的最终结算方式，无论中途经历几次八小时时段结算，平仓瞬间系统都会按照平仓成交价完成最终清算，扣除所有累计手续费、已经结算的资金费用之后，剩余盈利全部转为已结盈亏。很多交易者会混淆标记价格和成交价格的盈亏计算方式，盘中浮盈依照标记价格计算，平仓的实际盈亏则完全以撮合成交的真实价格结算，两者之间会存在小幅价差，也就是合约交易当中常说的滑点基差。在单边极端行情当中，交易所会临时冻结资金费率结算，固定采用每日百分之零点零三的基础利率进行划转，避免行情单边拉升或者下跌时出现极高费率，造成大批量持仓账户被动扣费，减少市场的非理性踩踏行为。
