北交所没有统一固定佣金数值，佣金上限为成交金额千分之三，普通投资者直接线上开户默认佣金大多在万三至万五区间，联系客户经理协商后，多数投资者可以调到万2.5附近，资金体量较大、交易频繁的交易者有机会争取更低费率，佣金为双向收取，绝大多数券商设置单笔最低5元收费标准。很多投资者容易混淆佣金和完整交易成本，大家口中所说的北交所佣金，仅代表证券公司收取的服务费，完整交易费用还叠加多项固定规费，这部分费用不受券商调整影响，所有投资者标准一致。印花税仅卖出单边征收，过户费双向收取，交易所经手费同样双向计费，区分全佣与净佣十分关键，全佣一般已经包含经手费，净佣会在佣金之外额外叠加规费，单纯对比数字很容易误判真实交易成本。
不少股民存在一个常见误区，沪深A股账户协商好低佣金后，想当然认为北交所费率同步生效，实际各大券商系统内，北交所交易佣金和主板佣金相互独立，即便主板费率很低，开通北交所权限之后依旧会按照默认高价执行，需要单独向客户经理申请调整费率。想要协商佣金最好在开通北交所权限之前沟通确认，开户之后再调整，流程会更加繁琐。另外大家不要只盯着佣金数字，短线高频交易的投资者，最低5元门槛影响很大，小额买卖经常触发最低收费，此时单纯降低佣金比例很难节约成本，相比之下中长期持仓的投资者，大额成交订单才能充分享受低佣金带来的成本优势。
在调整佣金的时候，还有几个实操细节需要留意，洽谈费率时务必白纸黑字确认是全佣还是净佣，同时核实最低收费标准，避免后续交割单出现额外扣费。费率调整完成后，可以完成一笔小额委托，等晚间系统清算结束，查看交割单核对各项扣费明细。北交所个股涨跌幅空间更大，如果频繁短线操作，不断累积的交易成本会持续侵蚀收益，在同等行情下，高佣金账户想要盈利，需要更高的股价涨幅才能覆盖各项手续费。对于普通散户，除了争取合理佣金，也要控制交易频次，减少不必要的换手，以此降低整体交易损耗。
市面上有不少宣传免五、极低佣金的渠道，投资者需要提高警惕，优先选择持牌正规券商办理业务，不合规的费率承诺可能存在后续调整、隐性收费等隐患。佣金只是参与北交所投资的其中一环，券商交易系统稳定性、北交所行情通道速度、客户经理响应效率同样不能忽视，尤其北交所部分个股流动性偏弱，行情波动剧烈，交易通道顺畅程度，会直接影响委托成交效果，不要单纯以佣金高低作为选择券商的唯一标准，综合对比之后再做出选择。
